Neu auf der BIOTECHNICA 01: Datenbank vergleicht Ähnlichkeiten von Biosequenzen

Über 1,2 Mio. Nukleinsäure- und Aminosäuresequenzen aus Patentschriften / über FIZ Karlsruhe auf STN online

Karlsruhe/Hannover – Die Datenbank DGENE des britischen Patentdatenbankspezialisten Derwent Information Ltd. enthält über 1,2 Mio. Biosequenzen aus Patentanmeldungen und erteilten Patenten von verschiedenen Patentämtern der 40 wichtigsten Industriestaaten der Welt. Das Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe hat diese einmalige Informationssammlung online in seinem Informationsnetz STN International (The Scientific and Technical Information Network) bereit gestellt. Auf STN International kann über das Internet (http://stnweb.fiz-karlsruhe.de) sowie über Wissenschaftsnetze und proprietäre Datennetze zugegriffen werden.
Das FIZ Karlsruhe präsentiert auf der BIOTECHNICA ’01 vom 9.-11. Oktober an Stand Nr. G12 in Halle 2 die Datenbank DGENE.

Derzeit sind in DGENE rund 435.000 Aminosäure- und über 770.000 Nukleinsäuresequenzen (DNA, RNA) gespeichert. Die Nachweise enthalten neben den Sequenzinformationen bibliographische Angaben, von Derwent vergebene Titel, Abstracts und eine ausführliche Indexierung. Die Informationen stammen aus Schutzrechtsdokumenten ab dem Jahr 1981. Über die Hälfte der in DGENE vorhandenen Sequenzdaten sind in keiner anderen öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbank verfügbar. Für die Sequenzsuche stehen verschiedene Optionen zur Verfügung, darunter nun auch die Homologie-Suche von Aminosäure- und Nukleinsäuresequenzen.

Am Zuwachs der Einträge in DGENE innerhalb der letzten Jahre lässt sich ein explosionsartiger Anstieg der Biosequenzforschung und damit die wirtschaftliche Bedeutung dieses Zweiges ablesen: 1990 wurden gerade einmal 6.500 Sequenzen neu in der Datenbank verzeichnet. 1997 waren es bereits 84.000. 1999 kamen in 12 Monaten 214.000 Sequenzen neu hinzu und im Jahr 2000 ist die Zahl der Neueinträge auf rund 230.000 gestiegen. Insgesamt sind im Nachweiszeitraum von 20 Jahren knapp 750.000 Sequenzen in der Patentliteratur erschienen. Es sind alle Nukleinsäuresequenzen erfasst, die eine Länge von mehr als neun Basen aufweisen, sowie alle Proteinsequenzen mit mehr als drei Aminosäuren.

Neben der Einzigartigkeit der gespeicherten Daten ist DGENE vor allem auch durch seine leistungsstarken Suchfunktionen für die Forschung hoch interessant. Die Nutzer von DGENE wollten ein differenzierteres Recherchewerkzeug zur Homologiesuche. Das hat ihnen der vom FIZ Karlsruhe mitbetriebene weltweite Informationsverbund STN International in enger Zusammenarbeit mit dem Patentdatenbankhersteller Derwent Information Ltd. an die Hand gegeben.

DGENE verarbeitet als Fragestellung Ketten bis zu 2.000 Zeichen. Der Befehl „GETSEQ“ bringt in relativ kurzer Zeit exakte Übereinstimmungen zwischen der als Anfrage eingegebenen Sequenz und den gespeicherten Sequenzen an den Tag. Die Datenbank kann aber auch Ähnlichkeiten ermitteln. Dafür steht die Funktion „GETSIM“ (similarity/homology search) bereit. Aktiviert man diese Suchfunktion, überprüft DGENE (bzw. GETSIM), ob zwischen den gespeicherten Sequenzen und einer neu eingegebenen Sequenz größere Übereinstimmungen im Kettenaufbau vorliegen.

Als Antwort auf die Suche liefert die Datenbank zunächst eine Liste von Kandidaten mit Sequenzen, die eine gewisse Ähnlichkeit zu der gesuchten Sequenz überschritten haben. Diese Dokumente kann man sich mit einem Display-Befehl entweder vollständig oder in verschiedenen Teilformaten anzeigen lassen, zum Beispiel nur die Aminosäuresequenz, nur den Titel, nur den Patentanmelder oder nur das Abstract. Abstract und ein gut verständlicher Titel werden von Fachleuten bei Derwent Information geschrieben, um die ursprüngliche Patentfachsprache der Quell-Literatur in eine für die Fachwelt leicht verständliche Ingenieurssprache zu „übersetzen“.

Interessenten erhalten weitere Informationen über:

Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe
STN Europa
Postfach 2465
D-76012 Karlsruhe
Tel. 07247/808-555
Fax 07247/808-259
E-Mail: helpdesk@fiz-karlsruhe.de

Als weltweit agierende wissenschaftliche Serviceeinrichtung produziert und vermarktet das Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe wissenschaftliche und technische Informationsdienste in gedruckter und elektronischer Form. In Zusammenarbeit mit Institutionen aus dem In- und Ausland erstellt das FIZ Karlsruhe Datenbanken in den Fachgebieten Energie, Kernforschung und Kerntechnik, Kristallographie, Kunststoffe, Mathematik, Informatik und Physik und betreibt einen Recherchedienst für alle Unternehmen oder Institutionen mit F&E-Aktivitäten. Außerdem betreibt das FIZ Karlsruhe den Datenbankverbund STN International (The Scientific & Technical Information Network) in Europa. STN wird gemeinsam vom Fachinformationszentrum Karlsruhe, dem Chemical Abstracts Service (CAS) in Columbus, OH, USA und der Japan Science and Technology Corporation (JST) in Tokio betrieben.
Das FIZ Karlsruhe ist Mitglied der Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried Wilhelm Leibnitz (WGL) e.V.